In seiner wechselvollen Geschichte war das Archäologische Museum auch von der Kulturpolitik der Jahre 1933–1945 betroffen. Im Rahmen eines Projektes zur Provenienzforschung wurden sämtliche archäologischen Objekte, die in diesem Zeitraum in das Museumsdepot gelangten, auf Verdachtsfälle von NS-verfolgungsbedingt entzogenem Kulturgut untersucht.

Mit seiner Begeisterung für das Altertum und der daraus resultierenden Sammelleidenschaft legte das Frankfurter Bürgertum zu Beginn des 19. Jh. den Grundstein für den heutigen Bestand der Antikensammlungdes Archäologischen Museums. Die Sammlung umfasst Objekte vor allem der Kleinkunst wie Bronzen, Gläser, Schmuck und Keramik. Darunter befinden sich zahlreiche bedeutende Stücke wie ein attisch rotfiguriger Krater mit einer Opferdarstellung oder eine bronzene römische Wasserauslaufuhr, aber auch Nachahmunge und Fälschungen, die ihrerseits ein interessantes Phänomen darstellen.