Nach dem am 12. Februar 1938 stattgefundenen Treffen Schuschniggs mit Hitler wurde Zeßner pessimistisch. Er arbeitete aber an der Vorbereitung der von Schuschnigg für den 13. März angesetzten Volksabstimmung für ein selbstständiges und unabhängiges Österreich mit. Obwohl ihm Otto Habsburg die Flucht anrät, bleibt Zeßner nach einiger Überlegung in Österreich. Schon in der Nacht vom 11. zum 12. März 1938 wusste er, dass er verhaftet werden würde und verfasste eine Art politisches Testament unter dem Titel „Bericht an die Gestapo – Mein Leben und Streben.“ „Dem Nationalsozialismus stand ich von jeher ablehnend gegenüber: 1. aus weltanschaulichen und philosophischen Gründen, 2. da ich von jeher jeden Nationalismus, welcher Art immer, für eine Quelle unablässigen Kampfes und Streites hielt und 3. da dessen politische Grundthese „Ein Volk – Ein Reich“ mir auf die Dauer mit der Souveränität, Staatlichkeit und Selbständigkeit meines angeborenen, österreichischen Vaterlandes und Heimatstaates unvereinbar schien, dem ich als Staatsbürger und eidlich verpflichtetes Staatsbeamter Treue und Hingabe schuldig war.“ Am 18. März wurde Zeßner während der Hl. Messe in der Pfarrkirche Maria Schmerzen im Kaasgraben (19. Bezirk) verhaftet. Nach sechs Wochen Gefangenschaft im Polizeigefängnis Elisabethpromenade wurde er ins Landesgericht überstellt. Als die Häftlinge anlässlich eines Besuchs von Himmler Meldung erstatten mussten, sprach Zeßner: "Hochschulprofessor Bundeskulturrat Freiherr Zeßner von Spitzenberg“ und gibt als Grund seiner Inhaftierung an: „Weil ich an leitender Stelle in der monarchistischen Bewegung Österreichs tätig bin." Am 15.Juli 1938 erfolgte mit dem letzten großen "Österreichertransport" die Einweisung ins KZ Dachau. Während des Transports wurde Zeßner von einem Wachtposten derart misshandelt, dass er am 1. August 1938 an seinen inneren Verletzungen starb. Er gilt daher als einer der ersten Österreicher, die in Dachau ermordet wurden. Auf die Frage des Lagerkommandanten von Dachau, ob er wisse, warum er in das KZ gekommen sei, antwortete Zeßner: „Weil ich im Glauben an Gott und an ein christliches Österreich unter der Führung des Hauses Habsburg die einzige Rettung für die Unabhängigkeit und Selbstständigkeit meines Vaterlandes sehe.“ Sein Leichnam und der des Schwiegersohnes von Bundespräsident Miklas waren die Einzigen, der im KZ Dachau Verstorbenen, deren Särge nach Österreich überführt werden durften. Zeßner-Spitzenberg ist auf dem Grinzinger Friedhof begraben. Er hinterließ eine Witwe und sechs Kinder. Ihr wurde eine Witwenpension zuerkannt. Aber erst mit 12. September 1938, also sechs Wochen nach Zeßners Tod in Dachau wurde seine formelle Entlassung ausgesprochen. (Manfried Welan)